Reconociendo el importante rol de los Pueblos Indígenas en la Región Amazónica, los Países Miembros de la OTCA aprobaron la Agenda Estratégica de Cooperación Regional (AECA), en 2010, donde se incluyó el tema Asuntos Indígenas y que ha sido implementado en colaboración con los gobiernos, la sociedad civil, las comunidades y representantes indígenas. Esta cooperación regional ha permitido avances en la protección y preservación de los derechos indígenas; sin embargo, todavía queda mucho por hacer para garantizar la participación de los pueblos indígenas en la gestión de sus recursos y la protección de sus derechos.

Tomando nota de las recomendaciones de los procesos regionales con comunidades indígenas, gobiernos y sociedad civil, los Países Miembros de la OTCA están desarrollando una nueva Agenda Estratégica (2019-2030) para asegurar que el desarrollo de los pueblos indígenas se incorpore y se alinee con la Agenda 2030 para el Desarrollo Sostenible. Con este fin, los Países Miembros están definiendo la agenda en las siguientes áreas temáticas: Pueblos indígenas en aislamiento voluntario y contacto inicial; cultura y conocimiento tradicional; uso y manejo sostenible de tierras indígenas y recursos naturales; salud indígena; pueblos indígenas y cambio climático; y participación e información/intercambio de conocimiento. 

La Amazonía es una región donde los pueblos indígenas migran y se mueven libremente a través de las fronteras de los países, por lo que los países de la región amazónica continúan colaborando para garantizar que la migración y el movimiento no se vean obstaculizados, pero manteniendo la protección de los derechos de los pueblos indígenas, sus distintas culturas y formas de vida.

La Organización del Tratado de Cooperación Amazónica, formada por ocho países amazónicos, es una cooperación regional y un foro de intercambio de información para mejorar la calidad de vida de los habitantes de la Amazonía, guiado por los principios de reducir las asimetrías regionales entre los Países Miembros a través de sus acciones, cooperación en procesos nacionales de avance socioeconómico, desarrollo sostenible y armónico.