Actualmente, el 68% de las áreas naturales protegidas y territorios indígenas de la región se solapan con proyectos de infraestructuras y planes de inversión, según el informe Amazonia bajo presión, publicado por RAISG en 2020. Las principales amenazas son la minería y la prospección petrolífera.

A menudo, estos proyectos se autorizaron sin consultar debidamente a las poblaciones indígenas afectadas, incumpliendo los tratados internacionales y causando daños sanitarios y culturales a los pueblos de la región, como vertidos de petróleo y la consiguiente contaminación de las masas de agua y mortandad de peces. Los daños culturales y sociales no son tratados adecuadamente por los organismos medioambientales, convirtiendo a las poblaciones indígenas en rehenes de los servicios prestados por los concesionarios.

La minería ilegal también está presente en todos los países amazónicos. La minería afecta a las fuentes de alimentos, arroyos, ríos, bosques, suelos y es una amenaza directa para la salud de los pueblos indígenas. Numerosos estudios advierten de los altos niveles de mercurio encontrados en la sangre de las poblaciones afectadas por el garimpo, lo que implica consecuencias a largo plazo, como neurológicas. Además, la minería lleva la inseguridad alimentaria y la violencia a los territorios indígenas.

Decenas de centrales hidroeléctricas y la apertura de más de 100.000 km de carreteras están previstas o en funcionamiento en zonas que se solapan con territorios indígenas en la Panamazonia. Cabe destacar que la mayor parte de la deforestación se produce en las proximidades de las carreteras. Por ejemplo, dos importantes vías de acceso al territorio amazónico en Perú -la Carretera Marginal de la Selva (Ucayali) y la Interoceánica Sur- también actúan como vectores de deforestación, por no hablar de la red de carreteras de acceso a los bosques construidas sin autorización oficial.

Las plantaciones de coca y el narcotráfico también afectan a la región. Según el Informe Anual sobre Drogas 2021 de la ONU, la ruta del tráfico de cocaína entre Sudamérica, Estados Unidos y Europa está evolucionando, lo que ha provocado la expansión de las plantaciones de coca en la Amazonia. La producción de cocaína se concentra en Colombia, Perú y Bolivia, en zonas que coinciden con las fronteras nacionales en la Amazonia, cerca de territorios indígenas. La distribución a gran escala a EE.UU. y Europa se concentra en Brasil, Colombia y Perú. El narcotráfico implica un aumento de la violencia en los territorios indígenas.