En general, los indicadores de salud de los pueblos indígenas de la Amazonia tienden a ser peores que las medias nacionales. Las altas tasas de mortalidad infantil y materna y la elevada prevalencia de enfermedades diarreicas, enfermedades de las vías respiratorias altas, malaria, helmintiasis, tuberculosis, hepatitis víricas (HDB y HDV) y leishmaniasis son algunas de las enfermedades con mayor frecuencia. Las enfermedades infecciosas que afectan con mayor frecuencia a la población indígena también presentan el mayor riesgo de mortalidad entre ellos, especialmente en los niños. La persistencia histórica de una alta prevalencia de enfermedades infecciosas, además de representar un indicador de las condiciones de vida y de protección del medio ambiente, expresa desigualdades en relación con la sociedad no indígena.

Otro factor importante observado en los estudios fue la dificultad para obtener datos sanitarios que reflejen la situación real de la salud indígena. Esto se debe a que en la mayoría de los países los sistemas de información no fueron diseñados para incluir la categoría «indígena» en los instrumentos de vigilancia epidemiológica, o a que no existe un monitoreo de los flujos de atención a la salud de la población indígena. Brasil es el único país que dispone de un sistema de información que recoge datos sobre la salud de la población indígena. Aun así, una parte considerable de los registros no puede evaluarse por falta de diagnóstico. Tales factores muestran dificultades para identificar la causalidad biomédica en el conjunto de patologías señaladas como más frecuentes en la población, además de expresar la fragilidad en la práctica de la salud intercultural en un contexto étnico tan heterogéneo.

La ausencia de diagnósticos también expresa la característica regional de difícil acceso a las redes de laboratorios, hospitales y clínicas especializadas. Además de la falta de tecnologías de diagnóstico para exámenes complementarios, la región amazónica carece de protocolos y formación que permitan a los equipos de salud identificar mejor ciertas enfermedades que afectan a la población pero que permanecen sin registrar. Además, la dispersión territorial sumada a la baja frecuencia de seguimiento en atención primaria en algunas localidades contribuyó a la persistencia de patologías que pueden ser identificadas y tratadas clínicamente, como la sífilis y la sífilis congénita, la tuberculosis, las parasitosis, las micosis y especialmente las enfermedades perinatales.

Además de los efectos de la enfermedad en las personas, la fragilidad de la atención primaria también debe dimensionarse en su impacto familiar y social. Hay un conjunto de patologías que sólo se diagnostican en sus condiciones más graves, como es el caso de la desnutrición, el abuso de alcohol y drogas y la violencia familiar, comunitaria e interétnica. Este panorama refleja múltiples vulnerabilidades relacionadas con los procesos históricos y contemporáneos de colonización y desigualdad en materia de salud, que también acarrean otras consecuencias como la desnutrición, la baja esperanza de vida y los cambios en los hábitos alimentarios.

Los pueblos en aislamiento y contacto inicial, en particular, presentan una vulnerabilidad aún mayor. En relativo aislamiento y con una integridad territorial asegurada, estas poblaciones mantienen una relación estable con los agentes infecciosos presentes en su entorno, en un estado de equilibrio y crecimiento demográfico. Dado que no existe memoria inmunológica contra los agentes infecciosos comunes a la población nacional mayoritaria, ni inmunización activa mediante vacunación, al entrar en contacto con las poblaciones circundantes pueden producirse brotes epidémicos en el grupo, lo que puede provocar una elevada mortalidad por enfermedades infecciosas.