En los resguardos indígenas están legalmente prohibidos los proyectos de colonización y las actividades extractivas de todo tipo; sin embargo, muchos de estos territorios fueron invadidos por colonos, minería ilegal, narcotráfico, cultivos ilícitos y también por grupos armados como la guerrilla, paramilitares y la propia fuerza pública estatal. En las áreas de reserva forestal, por otro lado, puede haber actividad extractiva de recursos naturales a través de licencias o permisos emitidos por el estado, y estos son territorios sujetos a colonización por sustracción de territorio a la reserva que luego se titula a campesinos.

Muchos pueblos indígenas viven en la región amazónica en aislamiento por elección y también para evitar diversas situaciones de violencia y experiencias o epidemias de enfermedades que se han presentado en los últimos cinco siglos. El aislamiento es básicamente una estrategia de supervivencia y en la mayoría de los casos ha resultado eficaz.

Actualmente en Colombia crece la importancia y discusión del tema de la protección que el Estado debe garantizar a los PIACI. Una serie de situaciones amenazan y ponen en peligro latente a estas poblaciones y fueron catalogadas como riesgos importantes:

• El avance de la frontera agrícola y la colonización
• La exploración petrolera, cada vez más cercana y con creciente interés en sus tierras.
• Extracción de oro en zonas cercanas a las comunidades
• Guerrilleros y paramilitares que se encuentran en territorio PIACI, se enfrentan entre sí o con el Ejército Nacional
• Cultivos de coca y narcotráfico, fumigación de estos cultivos con deterioro del medio ambiente y afectando disponibilidad de alimentos, seguridad alimentaria y contaminación de fuentes de agua
• Enfermedades infecciosas como ARI y EDA, que siguen siendo la principal causa de enfermedad y muerte en todas las poblaciones indígenas.
• Pérdida de la medicina tradicional, las prácticas de autocuidado y la prevención de enfermedades.
• Colonización cultural en salud, educación, religión, alimentación, economía de mercado
• Violencia sexual y mestizaje
• La sedentarización y utilización de indígenas como mano de obra
• Corrupción e inestabilidad administrativa y política que impiden el desarrollo y continuidad de los programas de salud
• El modelo institucional de salud que sigue siendo muy convencional, indiferenciado y no apto para las culturas indígenas.
• Inseguridad alimentaria generada por la pérdida de territorios y la competencia por los recursos con los colonos y otros actores con intereses económicos
• El desmantelamiento de las acciones institucionales y estatales en los diferentes planes y programas de atención a las poblaciones indígenas.